Encerramento de empresa inapta por omissão de declaração

Olá, boa tarde. Preciso encerrar uma empresa de natureza jurídica empresário individual (ME), regime de tributação normal, com situação cadastral inapta, por motivos de omissão de declarações. Meu cliente abriu e "fechou" a empresa no mesmo mês, funcionou por apenas 1 semana, e por isso nunca fez contabilidade. Ele "fechou" a empresa apenas fisicamente, pois nunca baixou o CNPJ. O caso é de 2014 e está assim desde então. É meu primeiro trabalho, se alguém puder me ajudar, agradeço.

Olá Stephanie,
tudo blz
Primeiro acesse o redesim (vai solicitar acesso ao portal gov.br(com senha ou certificado digital, o que você tiver);
Click em: Já possuo pessoa jurídica / Baixa / Baixar uma pessoa jurídica ou filial (vai ser direcionada par o Coletor Nacional)
Preencha as informações conforme sua situação, ao transmitir grave o número do protocolo (você vai precisar), mais uma tela vai aparecer pra que você forneças as informacões, verifique se tem pendências, e transmita para obter recibo de transmissão.
Feito isso você precisa aguardar alguns minutos e consultar o protocolo pra ver se ja processou.
De posse do protocolo  de transmissão do CNPJ. acesse o site da junta comercial do estado do seu cliente/ para fazer a baixa propriamente dita. lembre de guardar os protocolo, geralmente vai ser o mesmo.

Espero ter contribuindo 
Boa sorte

Olá amigos contadores!

Assim como a colega acima é também meu início de trabalho com essa parte de legalização. 

Após a baixa do CNPJ no Redesim o que orientam a fazer em relação aos débitos se houverem? Haverá débitos na prefeitura e débitos dessas declarações não enviadas? 
Se alguém ja fez esse processo de baixa poderia me dar uma luz? 

Fico com receio de realizar a baixa e não saber passar os gastos corretos que o cliente terá após baixar, no caso de débitos.